C'est en 1861, que l'inventeur du moteur à quatre temps, l'ingénieur dignois, Alphonse Beau de Rochas, imagina de relier Nice, annexée à la France l'année précédente, à Grenoble en passant par la Vallée du Var, Digne-les-Bains et Gap.
Mais ce n'est qu'en 1882 que l'autorité militaire donne son aval au projet qui peut voir le jour. Pour s'adapter au relief escarpé, les ingénieurs adoptent un système à voie métrique. Un écartement d'un mètre au lieu du mètre quarante utilisé classiquement, permet des courbes plus serrées (100 mètres au lieu de 300 mètres) et d'abaisser les coûts de construction.
Une construction difficile qui exige des prodiges d'ingéniosité et de courage. Ainsi, le percement du grand tunnel de la Colle Saint-Michel, 3 457 mètres de long à plus de 1000 mètres d'altitude, fait communiquer la vallée du Vaïre et celle du Verdon.
Ses travaux mobilisèrent en 1902, plus de quatre cents ouvriers durant près de deux ans. Ils durent affronter éboulis, crues, affaissements de terrain Lorsque la première locomotive s'arrête à la halte de Peyresq, l'allégresse est générale. Au total, ce ne sont pas moins de vingt-cinq tunnels, seize viaducs et quinze ponts métalliques que la ligne emprunte sur cent cinquante kilomètres.
En 1886, l'exploitation de la ligne est confiée à la Compagnie des Chemins de Fer du Midi et non à la puissante PLM, ce qui vaut à Digne de disposer de deux gares côte à côte.
Il faudra attendre le 14 août 1891 pour qu'un premier tronçon de voie ferrée soit ouvert entre Digne-les-Bains et Mézel. L'année suivante le tronçon Nice-Puget-Théniers est inauguré. La ligne de chemin de fer arrivera enfin à Nice en 1911 et sera inaugurée le 3 juillet.
La Première Guerre mondiale, puis le développement de l'automobile, faillirent être fatals au train. De 1926 à 1933, le trafic s'effondre de 60%. Le 15 juillet 1933, le train connaît son premier arrêt d'exploitation.
En 1935, la ligne renoue avec le succès grâce à de nouveaux autorails Renault diesel qui remplacent la vapeur et relient Nice à Digne-les-Bains en 3h30. Après la Seconde Guerre mondiale, le train rouvre en 1946.
En 1959, une menace de fermeture est écartée. En 1967, c'est l'État qui se désengage du train. Un syndicat mixte, le SYMA, créé en 1968 et regroupant cinq collectivités locales, sauve la ligne.
Face à la forte mobilisation des populations, la ligne ferroviaire reliant Nice à Digne-les-Bains est maintenue. Mais les intempéries l'ont souvent endommagée. Lors des pluies diluviennes du mois de novembre 1994, les dégâts furent catastrophiques. Dix-huit mois de travaux et la volonté acharnée des populations du haut et moyen pays seront nécessaires pour reconstruire la voie ferrée et permettre à l'autorail de circuler de nouveau le 25 avril 1996.
Trait d'union entre la Méditerranée et les Alpes, et indissociable de la croissance économique et touristique de la région, le train doit son existence actuelle à la mobilisation des élus locaux et des habitants des vallées qu'il dessert. Engagé dans une politique de modernisation de la ligne, le SYMA affiche clairement depuis 1990 ses objectifs de développement de la clientèle.
Après les crues dévastatrices de novembre 1994, la population et le personnel se mobilisent et parviennent à sauver définitivement la ligne.
A cela, il convient d'ajouter de nombreuses difficultés et catastrophes climatiques. Le Coulomp, et plus encore le Var, engloutirent en 1906, 1910 et 1914 les voies sous leurs eaux. 1978 voit la ligne ployer sous la neige d'un hiver qui interrompit la circulation.
Le 5 novembre 1994, le pont de Gueydan est emporté par les eaux du Var. Au terme de dix-huit mois d'interruption nécessaires à la réparation des dégâts provoqués par les crues, la ligne rouvre le 25 avril 1996.
La convention de délégation de service public d'une durée de 8 ans a été renouvelée le 1er juillet 2005 avec le Syma. Elle se poursuit au 1er janvier 2007 sous l'autorité de la Région PACA.
Pour certains, le nom de Train des Pignes viendrait de la suie qui recouvrait les locomotives et les faisaient ressembler au fond des marmites italiennes, les pignates.
Pour d'autres, il viendrait des pignes que les citadins ramenaient en ville le dimanche.
Pour d'autres encore, la vitesse du train était si faible qu'elle permettait aux voyageurs de descendre sur les bas-côtés pour ramasser des pignes.
Enfin, certains disent que ce nom viendrait d'un miracle d'une nuit de Noël où une garde-barrière restée seule avec son enfant malade s'était trouvée à court de bois de chauffage. L'équipe de cheminots d'un train de nuit fit halte pour lui offrir du charbon. Lorsque la locomotive vint elle-même à manquer de combustible, les pommes de pins des arbres bordant la voie tombèrent directement dans le tender de la machine qui put ainsi continuer son cheminement.
